A Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) e a UFRJ, através do LAP, firmaram um Acordo de Cooperação Acadêmica e Intercâmbio Técnico, Científico e Cultural, que teve vigência de 2014 a 2018, e está em vias de renovação. Através do Acordo de Cooperação, o LAP recebeu diversas amostras de plantas de diferentes centros fornecedores da Embrapa, com o objetivo de contribuir para a constituição de coleções de referência e bancos de dados visando pesquisas sobre dieta, domesticação de vegetais e produção de alimentos na pré-história brasileira.

O Instituto Superior de Educação do Rio de Janeiro (ISERJ) é uma instituição de ensino estadual que abrange desde a educação básica até a superior. Sua parceria com o LAP foi estabelecida através do projeto de extensão “Arqueologia Viva". No projeto, professores das áreas de História e Biologia da instituição participam com suas turmas de oficinas de Arqueologia no Museu Nacional.