A História Indígena Profunda refere-se ao estudo das ocupações humanas no território brasileiro que antecedem a chegada dos colonizadores europeus, abrangendo um período de dezenas de milhares de anos. Evidências arqueológicas, como as encontradas no Parque Nacional da Serra da Capivara, no Piauí, indicam a presença humana na região há mais de 50 mil anos, desafiando concepções anteriores sobre o povoamento das Américas.

Essas populações desenvolveram culturas diversas, adaptando-se a diferentes ecossistemas e estabelecendo formas complexas de interação com o ambiente. Na Amazônia, por exemplo, há registros de sociedades que modificaram significativamente a paisagem, criando solos férteis conhecidos como "terra preta" e construindo estruturas como geoglifos e aldeias fortificadas.